Ingénieur.e bio-informatique en génomique des arthropodes vecteurs (H/F)

Ingénieur.e bio-informatique en génomique des arthropodes vecteurs Date de début : Au plus tôt Durée : 12 mois Lieu : Montpellier, France Salaire : 27-37 K€ brut annuel Le Cirad (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement) produit et transmet de nouvelles connaissances pour accompagner l'innovation et le développement agricole dans les pays du Sud avec ses partenaires.Il a pour objectif prioritaire de bâtir une agriculture durable des régions tropicales et méditerranéennes, adaptée aux changements climatiques, capable de nourrir 10 milliards d'êtres humains en 2050, tout en préservant l'environnement.En savoir plus sur le Cirad : www.cirad.frLe Cirad recrute un.e ingénieur.e en bio-informatique pour l'UMR CIRAD/INRAE ASTRE (Animal, Santé, Territoires, Risques, Ecosystèmes) dont l'objectif est l'amélioration de la santé animale par des approches intégrées, pluridisciplinaires et intersectorielles. L'affectation sera à Montpellier, au sein du collectif Vecteurs constitué de 19 agents. Les activités seront menées au titre des activités de référence et de diagnostic dans le cadre de la convention DGAl entre le Cirad et le Ministère de l'Agriculture.Vous appuierez les recherches sur la caractérisation des interactions hôte-vecteur-microbiote en interaction avec les chercheur.ses et doctorant.es de l'unité pour mieux comprendre l'épidémiologie des maladies prioritaires (virus/bactéries transmises par des arthropodes vecteurs). En particulier, vous participerez aux études sur la dynamique et l'expansion de populations invasives, la compétence vectorielle et les agents pathogènes et le microbiome portés par les arthropodes. Pour ceci, vous utiliserez des approches de génomique, de génomique des populations, de métagénomique et de métabarcoding.Les modèles d'arthropodes cibles sont les tiques dures (Hyalomma) et les moustiques (Culex) d'intérêt vétérinaire/zoonotique en Méditerranée-Europe et dans les zones tropicales.Plus spécifiquement, vous serez en charge de :• L'assemblage et l'annotation de génomes de trois espèces de moustiques du genre Culex et de la comparaison des structures génomiques sur différentes échelles taxonomiques (au sein du complexe, du genre et de la famille),• L'analyse des déterminants génétiques et génomiques des interactions vecteurs-arbovirus par RNAseq• L'analyse de la diversité génétique des arbovirus West Nile et Usutu émises dans les salives de moustiques• La recherche de SNPs dans des données de capture de séquence sur des tiques du genre Hyalomma, de l'appui aux analyses de génomique des populations et de recherches de signatures de sélection.En collaboration avec les chercheur.es et les doctorant.es du collectif, vous appuierez l'adaptation de pipelines à l'analyse de séquence de métagénomique et de metabarcoding de communautés microbiennes de tiques.En lien avec les bioinformaticien.nes de l'unité, vous transférerez vos compétences et votre expertise en nouvelles approches d'analyse des génomes par l'appui technique et méthodologique aux membres des collectifs, aux étudiant.es (IUT, BTS, Master, doctorat, licence) du Nord et du Sud et aux partenaires accueilli.es. Vous serez impliqué dans la valorisation scientifique en lien avec les responsables de projets.Avantages sociaux :Vous bénéficiez d'un 13ème mois, d'une assurance sociale complète, des avantages du comité d'entreprise (activités sociales, culturelles et sportives à prix réduits), flexibilité des horaires et télétravail possible.Contraintes du posteTravail sur écran supérieur à 4 hCompétencesDiplôme niveau Master 2 en génomique/bio-informatique.Expérience d'au moins 1 an en analyse de données NGS (Assemblage, Mapping, annotation, recherche de motifs) calcul distribué sur cluster (SLURM) et d'utilisation de gestionnaire de pipelineMaitrise de R et d'au moins un langage de script (python, perl)Connaissances souhaitées en génétique de populations ou en phylogéographie ou phylogénieCapacité et volonté de travailler sur différents modèles et avec différents interlocuteurs dans un environnement pluridisciplinaireDes capacités de communication/pédagogie avec des non-bioinformaticien.es.Goût du travail en équipeGoût pour la transmission des connaissances, pour de la formation académique et continueSens relationnelSens de l'organisationAutonomie et dynamisme #J-18808-Ljbffr