Ingénieur.e en bioinformatique - Analyse de génomes et transcriptomes d’espèces végétales du genre N

Ingénieur.e en bioinformatique - Analyse de génomes et transcriptomes d’espèces végétales du genre NCDD·IE·12 moisBac+3 / LicenceLaboratoire de Recherche en Science Végétale (LRSV, UT3/CNRS/INP)·Auzeville-Tolosane (France)de 2166 à 2417€, en fonction de l'expérienceDate de prise de poste : 1 juillet 2024 Génome, Transcriptome, Assemblage, Annotation Le projet Metal_hype supporté par le Labex Tulip ( Tulip Metal_hype ) vise à développer l’espèce végétale Noccaea caerulescens comme espèce modèle pour étudier l’hyperaccumulation des métaux chez les plantes. Ce projet porté par Sylvain Merlot (chercheur CNRS) est important dans le contexte de la transition energétique pour limiter l’impact sur notre environnement des métaux massivement utilisés pour la production d’énergie décarbonnée. Une partie du projet vise à générer des données génomiques et transcriptomiques chez différentes accessions de cette espèce et d’espèces proches afin d’identifier les gènes candidats impliqués dans l’hyperaccumulation des métaux. L’ingénieur.e en BioInformatique sera intégré dans une équipe de biologistes ayant une expertise en génétique moléculaire ( https://lrsv.cnrs.fr/ ) et bénificiera d’un encadrement plus spécifique par Christophe Klopp de la plate-forme Bioinfo Genotoul ( http://bioinfo.genotoul.fr/ )Les travaux réalisés le CDD recruté seront :l’assemblage et l’annotation de génomes d’espèces et accessions du genre Noccaea(données PacBio HiFi, ONT)l’analyse de transcriptomes d’un grand nombre d’accessions (RNA-Seq Illumina, ONT).la mise en œuvre des autres analyses bio-informatiques liées au projet (recherche de gènes d’intérêt, de variations génomiques,...)La mise à disposition des données dans JBrowseAu minimum une Licence en bio-informatique (ou informatique) avec une préférence pour Master 2Maîtrise d'UnixSavoir développer en Perl et PythonAvoir une première expérience dans le traitement de séquencesUne expérience d'utilisation d'un cluster sera également appréciéeQualités relationnelles et intérêt pour le travail en équipe Procédure : Par e-mail, envoyer CV, 1 lettre de motivation et les contacts de 2 personnes référentes Date limite : 30 août 2024Offre publiée le 30 mai 2024, affichage jusqu'au 30 septembre 2024 #J-18808-Ljbffr